I Dundee i 1881 donerte frøken Mary Ann Baxter og hennes fetter, John Boyd Baxter - to av den berømte Baxter-familien, som tjente pengene sine fra Jute-fabrikkene i byen - 140 000 pund til opprettelsen av en høyskole i Dundee. Dette var begynnelsen på University of Dundee .
Fra starten var det en institusjon som skilte seg ut. I stedet for professorer med bakgrunn i elfenbenstårn, ansatte den dyktige unge mennesker som innså at for å konkurrere i den moderne verden, måtte Storbritannia forbedre sin teknologiske produksjon. William Peterson, som var latinist og lærd, ble den første rektor i 1882 i en alder av 26 år. Patrick Geddes, som ikke hadde en grad, var professor i botanikk og en av de fremste tenkerne i verden.
Sentralt i institusjonens stiftelsesgjerning var at den skulle brukes til «fremme utdanning av personer av begge kjønn, og studiet av vitenskap, litteratur og kunst».
Baxters' planer var at University College Dundee skulle tilby et komplett spekter av fag (annet enn Divinity - ingen skulle få til å erklære sin religiøse overbevisning og ingen religiøse emner skulle undervises).
De sjenerøse donasjonene til den nye høgskolen førte til etableringen av en mekanikerinstitusjon, ved siden av høgskolen, byggingen av et kjemilaboratorium og ledende forskere utnevnt til de nye stolene. Disse inkluderte D'Arcy Thompson (biologi, senere naturhistorie), James Alfred Ewing (ingeniørfag) og Thomas Carnelley (kjemi).
Det nye universitetet lå på Nethergate, mellom Park Place og Small's Wynd. For å huse de 373 studentene som meldte seg på det første året, ble fire eneboliger kjøpt av Mary Ann Baxter for £35 000, og en korridor ble bygget på baksiden for å knytte eiendommene sammen. I dag huser disse bygningene Handelshøyskolen.
Opprinnelig jobbet UCD og St Andrews ved siden av hverandre i relativ harmoni. Dundee-studenter var i stand til å oppgradere i Science fra St. Andrews, til tross for at de aldri hadde deltatt på noen klasser i den mindre byen.
Forholdet ble imidlertid snart anstrengt over spørsmålet om Medical School og hvorvidt ledere for anatomi og fysiologi skulle etableres i Dundee, St. Andrews, eller begge deler, og satte scenen for spenningene som ville skade forholdet mellom de to institusjonene for neste tiår.