Ain Shams University , som det tredje egyptiske universitetet, ble grunnlagt i juli 1950 under navnet "Ibrahim Pasha University". Det deltok med de to tidligere universitetene, "Cairo University" (Fua'd 1st) og "Alexandria University" (Farouk 1st) i å oppfylle meldingen til universiteter og møte den økende etterspørselen av ungdom for høyere utdanning. Da det først ble etablert, omfattet Ain Shams University en rekke fremstående fakulteter og akademiske institutter, som senere ble utviklet til universitet.
Etter revolusjonen den 23. juli 1952 ble det foreslått at egyptiske universiteter får navn som var sterkt knyttet til røttene og historiske landemerker i landet. På den 21. februar 1954 ble universitetets navn forandret til "Heliopolis", og deretter endret i samme år til dets nåværende navn "Ain Shams", den arabiske for "Heliopolis" eller "O'n" som var det eldste universitetet i historien. Universitetet "O'n" ble etablert for 5000 år siden, og det hadde en bred berømmelse som et sentrum for kunnskap og læring, spesielt innen astronomi, ingeniørfag og medisin. Kanskje et perfekt eksempel på kunnskapen og ferdighetene til "O'n" -lærerne er Imhotep, ypperstepresten, minister og arkitekt, som i 2700 f.Kr. laget den første store stentstrukturen kjent i historien, Zosers Step Pyramid i Sakkara. Westcar Papyrus sier også at grunnleggeren av det femte dynastiet var rektor for "o'n" universitet før han gikk opp i tronen. Imidlertid var den viktigste oppnåelsen av "O'n" Universitet kallelsen for å tilbe en eneste guddom, Atons solskive, i Akhenatons hender, som var påvirket av ideene til "O'n" prester.
Universitetets emblem, obelisken og to hauger, etablerer en sammenheng mellom universitetets navn og gamle historie. Obelisken står for livets hus i byen "O'n", mens de to haugene er symbolske for Horus, den egyptiske gud på den tiden.
Universitetet ligger nå i Zaafaran-palasset, bygget under regimet av Khedive Ismail. Slottet ble så oppkalt fordi området rundt det var kjent for saffran (i arabisk Zaafaran) plantasjer. Slottet ble brukt til å være vertskap for administrasjonskontoret ved det egyptiske universitetet da det ble grunnlagt i 1925. Det ble brukt av Utenriksdepartementet (som pensjonat) for å imøtekomme viktige besøkende. Slottet opplevde også undertegnelsen av 1936-traktaten mellom Egypt og Storbritannia. Endelig i 1952, ble det brukt som administrativt hovedkontor i Ain Shams University .
Å være en stor vitenskapelig og kulturell institusjon, er Ain Shams University fullt klar over disse utfordringene, og er sikker på at den - med andre egyptiske universiteter - har et vanskelig, hardt ansvar for generasjonsskapelsen. Det er bevisst og stolt av sin identitet og tradisjoner, og er også klar for å skape en bedre fremtid for sitt land. Faktisk har Ain Shams University spilt en ubestridelig rolle i utviklingen av det kulturelle og vitenskapelige livet i Egypt og berikende menneskelig kunnskap generelt.
Universitetet omfatter 15 fakulteter og 2 høye institutter. I 1950 var det bare åtte fakulteter: fakultet for kunst, juridisk fakultet, fakultet for handel, fakultet for naturvitenskap, fakultet for ingeniørfag, fakultet for medisin, landbruksfag og kvinnehøgskole. I 1969 ble utdanningsfakultetet, kjent siden 1880 som lærerhøgskole, blitt det niende fakultetet på universitetet. I 1973 ble fakultetet Al-Alsun gjort det tiende medlemmet på universitetet. Historien til dette fakultetet går imidlertid tilbake til 1835.
I 1994 ble det utstedt et dekret for etablering av to fakulteter; ph.d.-fakultetet og fakultetet for tannlege, ble den faktiske studien startet det følgende året i begge fakulteter. I samme år ble det besluttet å etablere fakultetet for datateknikk og informasjonsvitenskap, og studien startet året etter. Det siste fakultetet for å bli med på universitetet er Fakultet for spesifikk utdanning, i 1998. Fakultet for sykepleie ble grunnlagt i 1980, og instituttet for barnehøgsstudier ble opprettet i 1981. Etablering av Institutt for miljøforskning og -studier var i 1982 .
Ain Shams University består av syv campuser, som alle er lokalisert i Great Cairo. Universitetsadministrasjonen, fakultetene for kunst, lov og vitenskap er alle plassert i hovedcampuset El-khalifa El Mamoon Street, Abassia. Fakultetene for handel, Al-Alsun (språk), apotek, tannlegen, datateknikk og informasjonsvitenskap, institutt for barnehøgskole og institutt for miljøstudier og forskning, sammen med spesialisert sykehus ligger på andre campus på den andre siden av nevnte gate. Det medisinske fakultet og fakultetet sammen med universitetssykehusene ligger i en annen campus i Abassia. Fakultet for ingeniørfag, spesifikk utdanning, utdanning, kvinner og jordbruk er lokalisert hver på en egen campus i henholdsvis Abassia, Heliopolis og Shoubra El-Kheima.